Институт цитологии и генетики СО РАН организован в числе первых 10 институтов в 1957 году. Директором-организатором Института до осени 1959 года был академик Н.П.Дубинин, который определил основные направления и пригласил первых заведующих лабораториями.

С 1959 по 1985 год бессменным директором Института был академик Д.К.Беляев, внесший большой вклад в создание и развитие Института и возрождение генетики в стране.

С 1986 года по 2007 год Институт возглавлял академик В.К.Шумный.